第一百八十三章 老裘,你的病就有救啦!(5.4K)(2 / 3)
这个答案并不意外。
目前地球上已经发现的微生物包括细菌、真菌、藻类等在内,总数大约有两百多万。
至于未被发现的数量就更多了,并且波动很大。
众所周知。
目前推测生物种数一共有两类方法:
一类是直接请分类学专家通过理论推算,评估世界上可能还有多少物种待发现。
另一类方法是根据已详细调查区域的物种数量,外推至全球的总物种数。
然而,这些方法有许多假设与限制,使得推算的总物种数差异甚大。
最低的推算数值是三百万,最高的甚至达到了一个亿。
目前接受度比较高的一个数字,是由夏威夷大学马诺阿分校ora教授提出来的:
870万,不包括病毒。
他是应用生物分类阶层也就是生物课本里学过的界门纲目科属种的数量趋势,推估出出来的这个数字(/t/113/21/5970)
例如某动物门=10纲=100目=1000科=10000属=100000种,同时不同类群的分类阶层数量有相似的趋势,且高阶分类相对于种较稳定。
因此经过一系列的模拟,最终可推估得到较可信的总物种数。
ora教授的这篇论文是目前全球被引用次数最多的统计文稿之一,也算是个比较权威的推论了。
870万对比200万。
因此在青苔之中发现某种甚至多种微生物的存在,徐云真的一点儿都不惊讶。
随后他沉思片刻,对裘生道:
“老裘,先做16S相似度检测吧。”
裘生点点头,飞快的带上套手套,说道:
“行,我立马就做。”
一般来说。
如果是培养皿培育出的菌株,检测或者对比的难度往往都不高。
但对象若是自然界富集的样本,操作起来就比较麻烦了。
徐云所说的16S相似度检测,指的是核糖体小亚基的RNA组分检测。
也就是16SrRNA。
这部分长度大约1500nt,不同物种略有差异,算是目前主流的九大新物检测步骤之一。
五分钟后。
裘生抬起头,对徐云道:
“老徐,准备好了,引物你觉得用啥?”
徐云想了想,很快道:
“1492R吧。”
“好嘞!”
半个小时后。
裘生抬起头,打了个响指:
“搞定,扩出来了,BLAST的密匙你有吧?”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮,随后走到操作台边,噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16S相似度检测的界限其实有些模糊,因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97%,有的是99%。
只是在通常情况下。
相似度超过97%的,就可以认为是一个物种。
相似度低于97%的,就可以认为是不同物种,进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段,却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎:
大部分样本在经过检测之后,都会发现相似度在99.99%以上,与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头,声音骤然拔高了几分:
“老徐,相似度46.9%,46.9%!!”
“毫无疑问,这是一类新物!”
徐云认真的看了他一眼,确认道:
“只有一种新物吗?”
“没错,只有一种!”
徐云若有所思的点点头,又道:
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程:
1、16S相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等,还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定,这个具有属特异性。
4、呼吸醌,也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种,这个有种特异性。
5、分子杂交,也就是测定基因组序列,草图就行,然后跟近源物种去比较。
相似度超过70%是一个种,低于70%是不同物种。
6、碳源利用情况,看一下能利用哪些碳源,一共有95种碳源的测
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